중도 퇴사자 연말정산: 재취업하면 새 회사에서, 안 하면 5월 종합소득세 신고

한눈에 보기

결론 같은 해에 재취업했으면 새 회사 연말정산에서 전 직장 급여를 합치고, 재취업하지 않았으면 다음 해 5월 홈택스에서 종합소득세 신고로 공제를 더 받아요.
퇴사할 때 회사가 마지막 급여를 줄 때 중도정산을 해요. 공제신고서를 내지 않으면 본인 기본공제와 표준세액공제만 들어가요.
준비물 전 직장의 근로소득 원천징수영수증. 회사는 퇴직한 달 급여 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급해야 해요.
주의 신용카드·의료비·교육비·보장성 보험료·건강보험료는 일한 기간에 쓴 것만 공제돼요. 국민연금·연금저축·기부금은 1년 치 전부 돼요.
환급 5월에 신고하면 신고기한 뒤 30일 안에 신고서에 적은 본인 계좌로 들어와요(2026년 5월 신고 때 안내 기준).

이 글 순서

퇴사할 때 하는 중도정산
재취업했다면 새 회사에서
원천징수영수증 구하기
재취업 안 했다면 5월 신고
퇴사 뒤 쓴 돈, 공제 여부
환급받는 순서
퇴사할 때 같이 챙길 것
자주 묻는 것
참고한 자료

연중에 회사를 그만두면 연말정산을 누가, 언제 하는지부터 헷갈립니다. 퇴사하면서 회사가 한 번 정산을 해 주긴 하지만, 그때는 카드값이나 의료비 같은 공제가 거의 들어가지 않아서 세금을 더 낸 채로 끝나는 경우가 많아요.

소득세법 조문(법제처 국가법령정보센터), 국세청 국세상담센터 연말정산 문답, 홈택스 안내 문서, 2026년 5월 종합소득세 신고 안내(정책브리핑)를 2026년 10월 7일에 확인해서, 퇴사할 때 회사가 하는 정산, 재취업했을 때와 안 했을 때의 방법, 퇴사 뒤 쓴 돈이 공제되는지, 환급받는 순서를 차례로 적어 둘게요.

중도 퇴사자 연말정산 요약 그림. 같은 해 재취업하면 새 회사에서 전 직장 영수증을 내고 합쳐서 연말정산, 재취업하지 않으면 다음 해 5월 홈택스에서 종합소득세 신고. 퇴사할 때 회사가 중도정산하고 공제신고서를 내지 않으면 본인 기본공제와 표준세액공제만 반영. 근로소득 원천징수영수증을 받아 두고, 5월에 신고하면 신고기한 뒤 30일 안에 환급 — 국세청·법제처 자료로 만든 그림, 10월 7일 기준

퇴사할 때 하는 중도정산

회사는 퇴직자에게 퇴직하는 달의 급여를 줄 때 그 사람의 연말정산을 합니다. 소득세법 제137조 제1항이 원천징수의무자(회사)가 “해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때” 세금을 정산하도록 정해 두었어요. 계속 다니는 사람은 다음 해 2월에, 그만두는 사람은 마지막 급여 때 한다는 뜻입니다. 이때 정산하는 기간은 1월부터 퇴직하는 날까지예요.

그래서 마지막 급여 명세서에 소득세가 평소와 다르게 찍히거나 환급액이 붙어 나오는 일이 생깁니다. 매달 떼던 세금(간이세액표 기준)과 퇴직일까지의 실제 세금을 비교해 차이를 맞추는 과정이에요.

기본공제만 들어가는 이유

같은 조 제3항에 이유가 적혀 있습니다. 근로자가 공제신고서(근로소득자 소득·세액 공제신고서)를 내지 않으면 회사는 “기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제만을 적용한다”고 되어 있어요.

공제신고서는 퇴직한 달의 급여를 받기 전에 회사에 내야 합니다(제140조 제1항). 그런데 연말정산 간소화 자료는 다음 해 1월에 열리기 때문에, 연중에 퇴사하는 시점에는 카드값·의료비·보험료 자료를 한 번에 모으기가 어려워요. 그러다 보니 서류 없이 본인 기본공제만 넣고 정산이 끝나는 경우가 많습니다.

부양가족 공제나 그 밖의 공제를 퇴사 시점에 넣고 싶다면, 마지막 급여 전에 공제신고서와 증빙을 낼 수 있는지 회사 급여 담당자에게 물어보세요. 못 넣었더라도 아래 두 가지 방법 중 하나로 나중에 받을 수 있습니다.

재취업했다면 새 회사에서

같은 해 안에 다른 회사에 들어갔다면, 다음 해 초에 새 회사가 하는 연말정산에서 전 직장 급여까지 합쳐서 정산합니다. 근거는 소득세법 제138조예요.

소득세법 제138조 재취직자에 대한 근로소득세액의 연말정산 원문. 과세기간 중도에 퇴직하고 새로운 근무지에 취직한 근로소득자가 종전 근무지에서 받은 근로소득을 포함하여 공제신고서를 제출하면, 원천징수의무자는 종전 근무지와 새로운 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 소득세를 원천징수한다 — 출처: 법제처 국가법령정보센터, 10월 7일 캡처

순서는 이렇습니다.

전 직장에서 근로소득 원천징수영수증을 받습니다. 그해 1월부터 퇴직한 달까지의 급여와 떼인 세금이 적힌 서류예요.
새 회사가 연말정산 서류를 걷을 때(보통 다음 해 1~2월) 공제신고서와 함께 이 영수증을 냅니다.
새 회사가 두 회사 급여를 더한 금액으로 세금을 다시 계산하고, 전 직장에서 이미 낸 세금을 빼서 정산합니다.

영수증을 내지 않아 합산이 빠지면 일이 커집니다. 2026년 5월 종합소득세 신고 안내에는 “지난해 이직 등으로 2개 이상의 회사에서 급여를 받은 근로자가 주 근무지에서 연말정산 시 합산 신고를 하지 않은 경우에는” 근로소득을 합산해 종합소득세 신고를 해야 하고, 회사별로 연말정산을 했더라도 합산 신고를 하지 않으면 무신고가산세와 납부지연가산세가 부과될 수 있다고 적혀 있어요. 새 회사에서 합치지 못했다면 5월에 직접 합산 신고를 하면 됩니다.

원천징수영수증 구하기

가장 빠른 방법은 퇴사할 때 회사에서 바로 받는 것입니다. 소득세법 제143조 제1항은 중도에 퇴직한 사람에게 “퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득의 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지” 원천징수영수증을 발급하도록 정해 두었어요. 9월 말에 그만두고 9월 급여를 10월 10일에 받았다면 11월 말까지입니다. 마지막 급여를 받을 때 함께 달라고 하면 됩니다.

받지 못했다면 홈택스에서 볼 수 있습니다. 회사가 국세청에 낸 지급명세서가 곧 원천징수영수증 내용이에요.

구분	내용
홈택스(PC) 경로	로그인 → 나의 홈택스 → 나의 소득,연말정산 → 지급명세서(원천징수 내역)등 조회
손택스(앱)	지급명세서(원천징수영수증) 제출내역. 근로자 확인용이라 다른 기관 제출용은 아니에요.
회사가 내는 때	퇴사 시점에 수시 제출하거나, 다음 해 2월 1일~3월 10일 정기 제출 때 함께
조회되는 때	그해 낸 지급명세서는 4월 말 이후. 수시 제출된 근로소득 지급명세서는 다음 해 1월에 먼저 제공

조회되는 때는 홈택스의 근로자용 지급명세서 확인 안내 문서에 적힌 내용이에요. 이 문서는 예시가 2019년으로 되어 있어서, 지금도 같은 일정인지는 조회가 안 될 때 국세상담센터(126)에 확인해 보세요. 회사가 지급명세서를 내는 때는 국세청 문답에 나온 2025년 퇴사자 기준 날짜(수시 제출은 2026년 1월 31일까지, 정기 제출은 2026년 2월 1일~3월 10일)를 해마다 같은 식으로 옮겨 적은 것입니다.

줄여 말하면, 전 직장이 수시 제출을 했다면 다음 해 1월 새 회사 연말정산 때 홈택스에서 볼 수 있고, 정기 제출 때 함께 냈다면 새 회사 연말정산 기간에는 보이지 않을 수 있어요. 그래서 퇴사할 때 종이나 파일로 받아 두는 편이 안전합니다. 홈택스에서 뽑은 것은 회사 도장이 없는 확인용이라, 새 회사가 그대로 받아 주는지는 담당자에게 물어보세요.

재취업 안 했다면 5월 신고

연말까지 다른 회사에 들어가지 않았다면 연말정산을 해 줄 회사가 없습니다. 이때는 다음 해 5월 종합소득세 신고 기간에 본인이 홈택스에서 신고해서 빠진 공제를 넣어요. 신고 기간은 소득세법 제70조에 “다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지”로 정해져 있습니다. 2026년에 퇴사했다면 2027년 5월이에요.

근로소득만 있는 사람은 확정신고를 하지 않아도 됩니다(제73조 제1항). 퇴사할 때 회사가 정산을 끝냈기 때문이에요. 다만 그 정산에 본인 기본공제만 들어갔다면, 신고를 해야 나머지 공제를 받고 더 낸 세금을 돌려받습니다.

2026년 5월 신고 안내에 나온 홈택스 순서는 이렇습니다.

홈택스에 로그인합니다.
세금신고 → 종합소득세 신고 → 근로소득 신고 → 정기 신고로 들어갑니다.
전 직장이 낸 근로소득 내역을 불러온 뒤, 빠진 공제(부양가족, 일한 기간의 카드·의료비·교육비·보험료, 연금저축, 기부금 등)를 넣습니다.
환급받을 본인 명의 계좌를 적고 신고서를 냅니다.
홈택스에서 종합소득세 신고를 마치면 위택스로 이어져 개인지방소득세도 한 번에 신고할 수 있어요.

공제 자료는 다음 해 1월에 열리는 연말정산 간소화에서 미리 다운로드해 둘 수 있습니다. 올해 9월까지 쓴 카드값으로 남은 기간 계획을 세우는 방법은 연말정산 미리보기 2026 글에 있어요.

국세청은 2026년 5월에 모두채움 안내 대상을 넓혀 “연말정산을 누락한 중도퇴사자”에게도 안내문을 보냈습니다. 안내문에 적힌 대로 신고해도 되고, 공제를 더 넣을 것이 있으면 홈택스나 손택스에서 신고서를 고쳐서 내면 됩니다. 다음 해에도 같은 안내가 오는지는 그때 국세청 발표를 확인하세요.

퇴사 뒤 쓴 돈, 공제 여부

여기서 가장 많이 틀립니다. 공제 항목은 일한 기간에 쓴 것만 되는 것과 1년 치가 전부 되는 것으로 나뉘어요. 국세청 국세상담센터 연말정산 문답에 적힌 문구를 그대로 옮기면 이렇습니다.

일한 기간에 쓴 것만

항목	국세청 문답 문구
신용카드 등	“신용카드 사용액은 근로제공기간의 사용분만 공제대상이므로, 입사 전 · 퇴사 후의 신용카드 사용액에 대하여 소득공제를 받을 수 없습니다.”
의료비	“의료비는 근로제공기간에 지출한 비용에 대해서만 공제받을 수 있습니다. 따라서, 취업전·퇴직후 지출한 의료비는 공제받을 수 없습니다.”
교육비	“교육비는 근로기간 중 지출한 금액에 대해서만 공제받을 수 있으므로, 입사전 또는 퇴사후 지출한 교육비는 공제대상에 해당하지 않습니다.”
보장성 보험료	“근로기간(휴직기간 포함) 지출분만 공제함”
건강·고용보험료	“건강보험료는 근로기간중 지출분에 한하여 공제함 → 입사 전, 퇴사 후 지출분 공제 불가”

퇴사한 뒤 지역가입자로 낸 건강보험료도 여기에 들어갑니다. 재취업했다면 전 직장과 새 직장에서 일한 기간을 합친 것이 근로 기간이고, 두 회사 사이에 쉰 달에 쓴 카드값과 병원비는 빠져요. 휴직 기간은 근로 기간에 들어갑니다.

1년 치 전부

항목	국세청 문답 문구
국민연금 보험료	“근로기간 관계없이 해당 과세기간에 지출한 전액이 공제 가능 (입사전, 퇴사후 납부액도 공제가능)”
기부금	“기부금세액공제는 근로기간 관계없이 해당 연도에 지출한 총금액에 대하여 공제가 가능합니다.”
연금저축 등	“근무기간과 상관없이 연간 불입액을 공제 받는 국민연금, 개인연금저축, 연금저축, 퇴직연금, 기부금, 소기업ㆍ소상공인 공제부금자료는 연간 납입금액이 조회됩니다.”

마지막 줄은 연말정산 간소화 문답에 나온 문장이에요. 퇴사한 뒤에 넣은 연금저축과 낸 기부금, 지역가입자로 낸 국민연금 보험료는 그해 근로소득에서 공제받을 수 있습니다.

월세 세액공제와 주택자금 공제, 주택청약저축은 이번에 본 국세청 문답에서 근로 기간에 관한 문구를 찾지 못했습니다. 이 항목이 있다면 신고 전에 국세상담센터(126)에 물어보세요.

간소화 자료는 달을 골라서

연말정산 간소화는 1년 치를 한꺼번에 보여 주기 때문에 그대로 넣으면 퇴사 뒤 지출까지 들어갑니다. 국세청 문답은 중도 입사·퇴사자에게 “월별 조회 기능”을 쓰라고 안내해요. 소득·세액공제 자료 조회 화면에서 일한 기간에 해당하는 달을 고른 뒤 항목별로 조회하면 됩니다.

일하지 않은 달의 지출을 넣어 공제를 더 받으면 나중에 문제가 됩니다. 2026년 5월 안내에는 공제를 많이 받고 고치지 않으면 하반기 점검에서 적게 낸 세금과 가산세를 함께 내야 할 수 있다고 적혀 있어요.

환급받는 순서

내 상황	언제 정산	환급 받는 방법
퇴사할 때 중도정산	마지막 급여	회사가 급여에 더해서 지급
같은 해 재취업	다음 해 초, 새 회사 연말정산	새 회사 급여에 반영
재취업 안 함	다음 해 5월 종합소득세 신고	세무서가 본인 계좌로 입금

5월 신고로 생긴 환급금이 들어오는 때는 2026년 안내 기준으로 이렇습니다. 그해 신고기한은 5월 31일이 일요일이라 6월 1일이었어요.

공제를 더 넣어 신고한 경우: 신고기한(6월 1일) 이후 30일 안에 신고서에 적은 근로자 본인 명의 계좌로 지급
국세청이 보낸 모두채움 환급 신고서를 고치지 않고 그대로 낸 경우: 법정 환급 기한인 6월 30일보다 앞당겨 6월 5일부터 지급

2027년 5월 신고의 환급 날짜는 그해 국세청 발표를 따릅니다. 환급은 떼인 세금이 있을 때만 생겨요. 원천징수영수증의 결정세액이 이미 0원이면 공제를 더 넣어도 돌려받을 것이 없습니다.

퇴사할 때 같이 챙길 것

세금 말고도 퇴사 직후에 기한이 걸린 일이 있습니다. 실업급여를 받는 조건과 신청 순서는 실업급여 신청 방법 2026 글에 있어요.

퇴직금이 얼마인지, 언제까지 들어와야 하는지는 퇴직금 계산 방법과 지급기한 글에서 계산식과 예시로 확인할 수 있습니다. 퇴직금에 붙는 퇴직소득세는 이 글의 근로소득 연말정산과 따로 계산해요.

자주 묻는 것

전 직장이 영수증을 안 줘요

회사에는 발급 의무가 있습니다(소득세법 제143조). 연락이 닿지 않으면 홈택스의 지급명세서 조회에서 확인하세요. 회사가 지급명세서를 아예 내지 않아 조회되지 않는다면 국세상담센터(126)나 주소지 세무서에 문의하는 것이 순서입니다.

새 회사에 전 직장 연봉이 알려지나요

원천징수영수증에는 전 직장에서 받은 급여 총액과 세금이 적혀 있습니다. 내기 꺼려진다면 새 회사에서는 새 회사 급여만 정산하고, 다음 해 5월에 본인이 두 회사 급여를 합쳐 종합소득세 신고를 하는 방법이 있어요. 이때는 5월 신고가 선택이 아니라 해야 하는 일이 됩니다.

12월 31일에 퇴사했다면

12월 말까지 일했다면 1년을 다 일한 것이라 공제 기간은 손해가 없습니다. 연말정산을 회사가 다음 해 2월에 계속 근로자와 같이 해 주는지, 퇴직 정산으로 끝내는지는 회사마다 다르니 퇴사 전에 급여 담당자에게 물어보세요.

프리랜서 소득이 생겼다면

퇴사한 뒤 사업소득이나 기타소득이 생겼다면 근로소득과 합쳐 5월에 종합소득세 신고를 해야 합니다. 2026년 5월 안내에도 근로소득 외에 사업이나 기타소득이 있는 근로자는 합산 신고 대상이라고 나와 있어요.

이 글은 2026년 10월 7일에 국가법령정보센터의 소득세법(법률 제21221호, 2026년 7월 1일 시행), 국세청 국세상담센터 연말정산 문답과 홈택스 문답, 홈택스 지급명세서 확인 안내 문서, 정책브리핑의 2026년 5월 종합소득세 신고 안내를 보고 작성했습니다. 신고 순서와 환급 날짜는 2026년 5월 안내 기준이라 다음 해에는 달라질 수 있습니다. 개별 사정은 국세상담센터 126에서 확인하세요.

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